当前，很多公司在治理过程中存在很多问题，主要表现在以下几个方面：
1.内部人控制。尤其是在国有企业转型过程中，公司治理严重扭曲，许多公司董事会形同虚设，董事会没有形成集体决策、个人负责的科学民主机制，经营班子内部“抱团”，变成由企业的经理掌握了企业控制权，并使他们的利益在企业的决策中得到比较充分的体现。
2.信息不对称。公司经理人员多是具有专业管理知识的人员，对公司盈亏状况、前景预测等信息了如指掌;而股东一方由于专业所限，往往难以知晓公司的关键信息，与经理人员相比其信息显然处于劣势。
3.代理成本高。股东与经理人员利益指向不一致。股东作为公司的出资人，其目标很明确，即公司利益最大化，从而自己亦能获得尽可能多的收益;而经理人员追求的目标是其自身利益最大化，这极有可能导致其做出决策、管理行为时，偏离股东的要求，严重损害股东利益，“亏了算股东的”，“赚了少不了自己一份”，造成高额的代理成本。
4.监事会职能的形式化。由于原公司法对监事会的规定过于形式化，监事会在实践中起到的作用微乎其微。监事会基本是内部人，抬头不见低头见，很难起到制约、监督作用。新《公司法》的实施并未使这一状况得到根本改观。
此外，董事会职权不明，董事和经理职权混淆;公司对经理层制约与激励不完善，经理层怠于行使或滥用职权;独立董事“不独立”，成为“花瓶董事”等，都是现在公司治理中存在的缺陷。
在我们长期给公司提供法律服务过程中，针对以上的缺陷，总结出一些解决方案，使得公司运转良好。律师在服务公司的过程中，重要的是对企业风险的防控，这使得必须用一些制度来规范公司的行为，同时也节省律师自身的工作量。以下方案仅供参考：
(一)设计股权结构
股权结构是公司治理机制的基础，它会使得股东结构、股权集中程度、大股东身份、导致股东行使权力的方式和效果产生较大的区别，进而对公司治理模式的形成、运作及绩效有较大影响。应先了解不同股权结构的特点，再根据公司实际情况进行股权结构的设计。
根据公司控制权理论，一般来讲股东单独或联合持有公司1/3以上股权，即可行使公司增减注册资本、合并、分立、解散等重大事项否决权;持有50%以上的股权，即可对公司一般事项进行投制;持有2/3以上股权，即可对公司享有全面控制权。所以在方案设计时，可以根据公司特点、股东需求等，提出较为适合的股权设计方案。
(二)设计公司章程
公司章程是国家对公司进行管理的重要手段，也是公司的自治规范。公司章程对股东、公司本身、公司董事、监事和经理等人员具有约束力，是股东维护其合法权益的重要工具，是保护公司债权人利益的重要手段。
大量的公司发起人在制定公司章程常常存在以下一些问题：(1)公司章程大量简单照抄照搬公司法的规定，没有根据自身的特点和实际情况制定切实可行的章程条款;(通常就是工商局提供的章程版本)(2)公司章程有些条款的内容明显不符合公司法精神，甚至有剥夺或者变相剥夺股东固有权利的情形;(3)公司章程“千篇一律”，未能建立公司自己特色且有效的自治机制。因此，在公司章程制定过程中，至少要注意以下几个方面问题：
1，规定公司组织和活动的基本规则。以有限公司组织和活动的基本规则为例。新《公司法》第44条、第49条规定了股东会和董事会的议事方式和表决程序，除新《公司法》有规定的以外，由公司章程规定。第45条第3款规定，董事长、副董事长的产生办法由公司章程规定。第51条第2款规定，执行董事的职权由公司章程规定。第40条第2款规定，有限公司股东会定期会议应当按照公司章程的规定按时召开。对于上述情形，如果公司章程中也没有具体规定，那么，相应的组织和活动将可能因无章可循而陷人混乱。
2.明确出资份额的转让。以有限公司为例，因其人合性特点，股东不能自由地向股东之外的
其他人转让所持有的出资份额。新《公司法》第72条规定，股东向股东以外的人转让其出资时，应当经“其他股东过半数同意……公司章程对股权转让另有规定的，从其规定”。为了避免股权转让纠纷的发生，就应当在公司章程中作出相应的具体规定，对股权转让方式、转让价格的确定等问题进行明确。
3.细化股东会的决议事项。根据对公司经营影响的重要程度不同，新《公司法》列举了若干须经特别决议的事项。但是，诸如发行公司债券、董事或者经理可以同本公司订立合同或者进行交易等事项，是否需要股东会特别决议决定并无规定。这样的问题，就可以通过公司章程加以规定解决。
4.明晰股东会和董事会的关系。在公司实务中，股东会与董事会之间的关系处理不当，很容易引发这两个机构之间的权力之争，尤其是在一些事关公司大局的事情上。例如，根据新《公司法》第38条第1项、第47条第3项的规定，股东会和董事会有权决定公司的经营方针和投资计划、经营计划和投资方案。类似这些问题均应在公司章程予以明确，否则公司实践中难免出现争议。新《公司法》第16条的规定也值得我们注意：公司向其他企业投资或者为他人提供担保，按照公司章程的规定由董事会或者股东会、股东大会决议;公司章程对投资或者担保的总额及单项投资或者担保的数额有限额规定的，不得超过规定的限额。
关于公司章程应当记载的事项，新《公司法》已经以绝对必要记载事项的方式做了明确的规定，所以，在设计公司章程时需要注意的是如何做出更加具体的规定，以及在绝对必要记载事项之外，还应当依法增加规定哪些内容。
(三)设计公司机关议事规则和工作制度
公司章程被称为公司的“宪法”，虽然在公司的地位很崇高，但是因为规定较为原则，而“宪法”的贯彻实施还需要若干“法律”来推进，那么就必须制定公司内部的议事规则和工作制度，这些规则和制度可比作是公司内部的“法律”。公司机关的议事规则和工作制度有《股东(大)会议事规则》、《董事会议事规则》、《董事会审计委员会议事规则》、《董事会提名委员会议事规则》、《董事会薪酬与考核委员会议事规则》、《董事会战略与投资委员会议事规则》、《监事会议事规则》、《监事巡视制度》、《总经理工作制度》等。
从公司机关权限的角度来看，股东(大)会是公司的最高权力机关，其议事规则就显得尤为重要。《股东(大)会议事规则》一般需要约定如下事项：
(1)股东会的职权，议事规则中的职权应与公司章程保持一致，必要时可以进行细化;
(2)股东会的召开时间、通知方式、通知内容、参会方式、委托参会的授权委托书内容;
(3)提案的提出及审议方式;
(4)会议内容、表决程序、表决方式;
(5)会议记录、责任承担、议事规则的生效等。
