公司章程和股东协议的区别主要体现在约束对象不同、制定和修改的方式不同、对公司的重要程度不同和公开程度不同。
约束对象不同
公司章程除了对公司股东具有约束力，对公司、董事、监事、高管均具有约束力，而股东协议仅对签协议的股东具有约束力。
制定和修改的方式不同
公司章程的制定和修改依据“多数决”原则进行，一般无需全体股东一致同意，但股东协议的制定和修改需要取得签署协议股东的一致同意。
对公司的重要程度不同
公司章程是公司设立存续必备的法律文件，是公司制定其他规章制度的基本法，而股东协议不是公司设立存续的必备法律文件(以有限责任公司形式存在的外商投资企业的股东设立协议除外)。
公开程度不同
公司章程具有公开性，公司股东及其他利益相关者可以依法查阅公司章程，而股东协议则没有向协议人以外的人公开的义务，有些股东协议还会约定保密义务。
公司章程和股东协议对同一事项约定冲突时的解决规则
两者发生冲突时，一般以章程约定为准，具体可以按照以下方法判断：
1、如果冲突事项属于章程中的绝对必要记载事项，因股东协议违反法律规定，肯定以章程记载为准；
2、如果冲突事项属于章程中的相对必要记载事项或任意记载事项，则考虑该事项是否涉及第三人利益，基于章程的性质和作用，凡涉及第三人利益事项，一般以章程记载为准；
3、凡不涉及第三人利益事项，则以特别约定为准，如股东协议可特别约定某一事项协议效力优先于公司章程；
4、在股东协议没有特别约定某一事项协议效力优先于章程约定情况下，则根据两者制定的时间先后顺序做判断，以后制定者效力优先为原则。如既没有特别约定，又无法判断时间先后的情况下，则以章程记载为准。
