根据我国公司法的规定，分公司不具有企业法人资格，其民事责任由公司承担。分公司只是总公司的分支机构，不具有法人资格，无论如何其最后的责任都是由总公司承担，既然要承担最终的法律责任，那么把总公司列为被告是必然可以的，体现了责任承担人与诉讼参加人相一致的原则。
我国民事诉讼法相关规定，合法成立，有一定的组织机构和财产但又不具备法人资格的组织可以作为民事诉讼的当事人参加诉讼，其中就包括法人依法设立并领取营业执照的分支机构。即分公司可以作为诉讼参加人参加诉讼，因此列分公司为被告也可以。
对于与分公司发生纠纷时起诉对象的确认应看情况处理
1、如果分公司有足够的财产承担责任，即使法律规定民事责任由总公司承担，实际上仍是由分公司承担，那么仅起诉分公司就可以了。
2、如果分公司没有足够的财产承担且因经营任务完成而无实际的组织机构及处所，那么最好一并起诉分公司及总公司，才能使责任承担人与诉讼参加人相对应。虽然最高人民法院关于人民法院执行工作若干问题的规定(试行)第78条规定，被执行人为企业法人的分支机构不能清偿债务时，可以裁定企业法人为被执行人。该规定应认为是执行阶段无法执行分公司财产时的挽救条款，不能因此就认为判决承担责任的为公司但实际履行的确是总公司这一现象是正常的。
3、对于单独起诉总公司的观点不太提倡，因为根据合同相对性的原则，签订合同的相对人是分公司，那么相对应的义务人也应该是分公司，虽然法律规定责任由总公司承担，在诉讼过程中将分公司列入被告更有利于事实的查明。
综上所述，与分公司发生纠纷时，总公司与分公司均可以作为当事人参加诉讼，起诉时应根据情况确定是单独起诉分公司还是一并起诉分公司与总公司，亦或是单独起诉总公司。
需注意的是，如果是中国人民银行，各商业银行，如工商银行，农业银行，建设银行等等的分行，支行，或是保险公司的分公司，则只能以该分支机构作为诉讼当事人。
